По описанным выше делам Налогоплательщик осуществлял реализацию товара на экспорт в ноябре – декабре 2003 года. При этом Налогоплательщик не смог своевременно подтвердить право на применение ставки НДС 0 процентов в порядке, предусмотренном ст. 165 НК РФ. В связи с этим по уточненным декларациям, представленным по истечении 180 дней с даты выпуска товара в режиме экспорта Налогоплательщиком был начислен к уплате в бюджет НДС с экспортной выручки. Право на применение нулевой ставки налога было подтверждено Налогоплательщиком только в августе 2004 года. При этом сумму НДС, начисленную с экспортной выручки по ставке 20 процентов в связи с несвоевременным подтверждением экспорта, налогоплательщик в бюджет не уплатил, соответственно не мог требовать и ее возмещения из бюджета в порядке пункта 9 статьи 165 НК РФ.

Однако после фактического подтверждения экспорта Налогоплательщик обратился в налоговый орган с письмом, которым просил Инспекцию в карточке лицевого счета сторнировать соответствующие суммы НДС, начисленные на 181-й день с даты выпуска товара в режиме экспорта.

Инспекция ответным письмом отказалась произвести соответствующие записи в карточке лицевого счета Налогоплательщика, ссылаясь на неуплату этого налога.

Налогоплательщик обратился в арбитражный суд с иском о признании незаконным данного письма налогового органа и его бездействия, выразившегося в непризнании обязательства Налогоплательщик по уплате НДС, начисленного с выручки от реализации товаров на экспорт, прекращенным в связи с подтверждением права на применение ставки 0 процентов.

Суд, удовлетворяя заявленные требования Налогоплательщика, исходил из следующего.

Обжалуемое письмо налогового органа об отказе сторнировать начисление НДС в карточке лицевого счета является ненормативным правовым актом и по существу нарушает права и законные интересы Налогоплательщика.  

Направляя Инспекции письмо с просьбой уменьшить в карточке лицевого счета задолженность по НДС, Налогоплательщик фактически потребовал от Инспекции признать его обязанность по уплате НДС прекращенной, то есть воспользовался своим правом, предусмотренным пп. 10 п. 1 ст. 21 НК РФ. Не признавая возникшего у Налогоплательщика права на уменьшение задолженности по налогу, Инспекция фактически совершает бездействие, направленное на взыскание данной суммы налога, оставляя за собой право на принятие в отношении Налогоплательщика обеспечительных мер по взысканию налога, предусмотренных главой 11 НК РФ.

При этом, по смыслу с пп. 2 п. 3 ст. 44, п. 9 ст. 165, п. 1 ст. 166 НК РФ, с момента документального подтверждения фактического экспорта товаров и права на применение налоговой ставки 0 процентов сумма НДС, ранее начисленная, но не уплаченная в бюджет с выручки от реализации товаров на экспорт, уплате не подлежит. Обязанность по ее уплате считается прекращенной.